解读：根据《最高人民法院关于审理行政许可案件若干问题的规定》第１４条之规定——（１）当事人对于行政机关变更或者撤销行政许可的行政补偿应当先向行政机关提出申请；（２）行政机关在法定期限或者合理期限内不予答复或者对行政机关作出的补偿决定不服的，才可以依法提起行政诉讼。

【理解与适用】有两种观点:一是当事人主张补偿的，可以直接起诉;二是在起诉前必须经过行政机关先行处理。我们倾向于第二种观点。主要理由:其一，行政补偿是行政机关的法定职责。行政机关在废止或者变更许可之时无须当事人申请，即应主动就补偿事宜作出处理决定。其二，法院的优势在于法律问题,行政机关先行处理补偿事宜，有助于查清基础事实,让法院将审查的重点放在法律问题上。——赵大光、杨临萍、王振宇:《<关于审理行政许可案件若干问题的规定〉的理解与适用》，载《人民法院报》2010年1月6日,第6版。

解析１：变更或者撤回行政许可的补偿标准——（１）一般在实际损失范围内确定补偿数额；（２）特许权补偿一般按照实际投入的损失确定补偿数额。

【理解与适用】行政补偿诉讼的实体问题当中,补偿标准问题至关重要。行政补偿的标准首先应当立足于现行法律规范，即法律、法规、规章确定的标准。不过实践中,补偿标准常常缺乏明确的规定,法院如何确定补偿额是一个难题。我们认为,一般应按实际损失确定行政补偿数额。所谓实际损失，不仅包括现有直接损失，还应当包括必然可得利益。这是行政补偿与行政赔偿的区别。另外，我国的特许权补偿具有特殊性。因为按照当前的标准，公共资源使用价格并未完全市场化，因此变更、撤回特许的补偿标准可以考虑适当降低。我们经研究认为,实际投入的损失是行政补偿的底线,考虑到当前特许的具体情况,可以将补偿标准确定于此。再考虑到特许权的市场化是其发展方向,不宜硬性规定为一律实行较低标准。——赵大光、杨临萍、王振宇:《<关于审理行政许可案件若干问题的规定＞的理解与适用》，载《人民法院报》2010年1月6日,第6版。

解析２：行政补偿案件可适用调解。

法条链接：

《行政许可法》

　　第八条【信赖保护原则】公民、法人或者其他组织依法取得的行政许可受法律保护，行政机关不得擅自改变已经生效的行政许可。

　　行政许可所依据的法律、法规、规章修改或者废止，或者准予行政许可所依据的客观情况发生重大变化的，为了公共利益的需要，行政机关可以依法变更或者撤回已经生效的行政许可。由此给公民、法人或者其他组织造成财产损失的，行政机关应当依法给予补偿。

　　第十二条【行政许可的设定事项】下列事项可以设定行政许可：

　　（一）直接涉及国家安全、公共安全、经济宏观调控、生态环境保护以及直接关系人身健康、生命财产安全等特定活动，需要按照法定条件予以批准的事项；

　　（二）有限自然资源开发利用、公共资源配置以及直接关系公共利益的特定行业的市场准入等，需要赋予特定权利的事项；

　　（三）提供公众服务并且直接关系公共利益的职业、行业，需要确定具备特殊信誉、特殊条件或者特殊技能等资格、资质的事项；

　　（四）直接关系公共安全、人身健康、生命财产安全的重要设备、设施、产品、物品，需要按照技术标准、技术规范，通过检验、检测、检疫等方式进行审定的事项；

　　（五）企业或者其他组织的设立等，需要确定主体资格的事项；

　　（六）法律、行政法规规定可以设定行政许可的其他事项。

最高人民法院关于审理行政许可案件若干问题的规定

　　第十四条【行政许可补偿诉讼的起诉时机】行政机关依据行政许可法第八条第二款规定变更或者撤回已经生效的行政许可，公民、法人或者其他组织仅主张行政补偿的，应当先向行政机关提出申请；行政机关在法定期限或者合理期限内不予答复或者对行政机关作出的补偿决定不服的，可以依法提起行政诉讼。

　　第十五条【变更或者撤回行政许可的补偿标准】法律、法规、规章或者规范性文件对变更或者撤回行政许可的补偿标准未作规定的，一般在实际损失范围内确定补偿数额；行政许可属于行政许可法第十二条第（二）项规定情形的，一般按照实际投入的损失确定补偿数额。

　　第十六条【行政许可补偿案件可适用调解】行政许可补偿案件的调解，参照最高人民法院《关于审理行政赔偿案件若干问题的规定》的有关规定办理。

《城乡规划法》

　　第五十条　在选址意见书、建设用地规划许可证、建设工程规划许可证或者乡村建设规划许可证发放后，因依法修改城乡规划给被许可人合法权益造成损失的，应当依法给予补偿。

　　经依法审定的修建性详细规划、建设工程设计方案的总平面图不得随意修改；确需修改的，城乡规划主管部门应当采取听证会等形式，听取利害关系人的意见；因修改给利害关系人合法权益造成损失的，应当依法给予补偿。

经典案例：

·湖南省富华水电有限公司诉湖南省人民政府等补偿案

【案号】最高人民法院行政裁定书(2017)最高法行申6896号

【裁判摘要】取得行政许可具有信赖利益，行政机关变更或者撤回许可若有损失应予补偿——《中华人民共和国行政许可法》第八条规定，公民、法人或者其他组织依法取得的行政许可受法律保护，行政机关不得擅自改变已经生效的行政许可。行政许可所依据的法律、法规、规章修改或者废止，或者准予行政许可所依据的客观情况发生重大变化的，为了公共利益的需要，行政机关可以依法变更或者撤回已经生效的行政许可。由此给公民、法人或者其他组织造成财产损失的，行政机关应当依法给予补偿。本案中，富华电站建设虽系违法，但是，富华公司实施违法建设行为，确实得到江华县政府及其相关职能部门的审批、许可。江华县政府及其相关职能部门发现审批行为与涔天河水库扩建工程的规划不符后，为了公共利益的需要，不再继续为富华公司补办相关手续，事实上撤回了先前的审批行为，由此给富华公司造成的前期投入损失，根据《中华人民共和国行政许可法》第八条规定的信赖利益保护原则，应当承担相应的行政补偿责任。

·卢某某等与广西壮族自治区人民政府其他资源强制补偿纠纷再审案

【案号】最高人民法院行政裁定书(2018)最高法行申2010号

【摘要】《中华人民共和国行政许可法》第八条第二款规定，为了公共利益的需要，行政机关可以依法变更或者撤回已经生效的行政许可。由此给公民、法人或者其他组织造成财产损失的，行政机关应当依法给予补偿。为了加强煤炭安全生产，根据国家政策调整，市、县人民政府决定关闭正在合法生产经营的小煤矿的，根据信赖保护原则，市、县人民政府应当依法给予行政补偿。广西自治区政府应当监督下级政府，依法及时解决卢某某、覃某某等人提出的关闭煤矿行政补偿问题。 

·最高人民法院行政赔偿裁定书(2019)最高法行赔申925号

【裁判摘要】行政许可到期后因违法继续生产被关闭无权请求行政许可补偿（行政补偿）——《中华人民共和国行政许可法》第八条第二款规定，行政许可所依据的法律、法规、规章修改或者废止，或者准予行政许可所依据的客观情况发生重大变化的，为了公共利益的需要，行政机关可以依法变更或者撤回已经生效的行政许可。由此给公民、法人或者其他组织造成财产损失的，行政机关应当依法给予补偿。本案中，新晋业公司以巴马县政府对其经营的文屯采矿场采取政策性关闭为由，请求人民法院判令巴马县政府对其予以行政补偿。但根据原审法院查明的事实，新晋业公司未在法定期限内申请采矿权许可证延续登记，之后也未在国土资源部门规定的期限提交延期补交材料申请并补交材料。2013年5月30日采矿权到期后，文屯采矿场仍然违法从事采矿活动。新晋业公司在经营文屯采矿场期间，还因违反安全生产、环境保护法律、法规，多次被行政主管部门处罚，并被责令立即停止排污、立即停产、整改等，但新晋业公司继续生产、拒不整改，巴马县政府于2013年12月27日通知电业部门对文屯采矿场采取断电措施。可见，文屯采矿场在采矿许可证已经到期的情况下继续生产，因违反安全生产、环境保护法律、法规被巴马县政府采取断电的强制措施。新晋业公司主张巴马县政府对其文屯采矿场进行了政策性关闭并要求补偿，没有事实根据。

·最高人民法院行政裁定书(2019)最高法行申3298号

【裁判摘要】（１）行政机关给予行政许可权利人补偿的前提是行政许可所依据的法律、法规、规章修改或者废止，或者准予行政许可所依据的客观情况发生重大变化时，行政机关依法变更或撤回已经生效的行政许可；（２）行政机关作出处罚决定吊销行政许可不涉及行政补偿问题——《中华人民共和国行政许可法》第八条第二款规定：“行政许可所依据的法律、法规、规章修改或者废止，或者准予行政许可所依据的客观情况发生重大变化的，为了公共利益的需要，行政机关可以依法变更或者撤回已经生效的行政许可。由此给公民、法人或者其他组织造成财产损失的，行政机关应当依法给予补偿"。据此，行政机关给予行政许可权利人补偿的前提是行政许可所依据的法律、法规、规章修改或者废止，或者准予行政许可所依据的客观情况发生重大变化时，行政机关依法变更或撤回已经生效的行政许可。行政相对人在实施行政许可过程中违反行政法律规范，行政机关作出处罚决定吊销行政许可的，不涉及行政补偿问题。如果行政处罚决定违法，也应通过行政赔偿程序主张相关权利。本案中宝迪公司主张项目公司的《动物防疫条件合格证》、《营业执照》、《税务登记证》等行政许可被撤回，要求贵池区政府予以补偿。但根据原审查明的事实，因项目公司违反相关规定造成环境污染，池州市贵池区农业委员会作出贵农(牧)罚字〔2013〕1号行政处罚决定,收回并注销项目公司的《动物防疫条件合格证》，池州市工商行政管理局贵池区分局作出贵工商处字〔2013〕199号行政处罚决定,吊销项目公司的营业执照。上述行为属于行政许可实施主体在实施过程中存在违法行为，有关部门对实施主体作出的行政处罚，并非对合法行政许可的撤回，不属于《中华人民共和国行政许可法》第八条第二款规定的情形。原审判决驳回宝迪公司的诉讼请求并无不当。