解读：（１）行政协议约定税款直接减免（免收土地契税、土地增值税、土地使用税）符合《国务院关于税收等优惠政策相关事项的通知》第３条规定的有效；（２）行政协议约定先交后返地方政府财政性受让税款依法有效。

解析：

（１）地方政府以《税收征收管理法》第３条第２款规定作为税收奖励承诺无效抗辩缺乏依据：

Ａ．税收奖励承诺的主体是地方政府而不是税务机关；

Ｂ．税收奖励承诺动用的资金是地方政府财政资金而不是税务机关征收的税款；

Ｃ．税收奖励承诺是地方政府与企业之间行政承诺法律关系而不是税务机关与企业之间的税收征纳关系。

（２）《国务院关于税收等优惠政策相关事项的通知》在一定条件下承认地方政府税收奖励承诺有效性：

Ａ．地方政府已经作出的税收优惠政策（包括税收奖励承诺）继续执行（第２条、第３条规定）；

Ｂ．地方政府出台新的税收优惠政策需要规范（第４条规定）。

法条链接：

《税收征收管理法》

　　第三条　税收的开征、停征以及减税、免税、退税、补税，依照法律的规定执行；法律授权国务院规定的，依照国务院制定的行政法规的规定执行。

　　任何机关、单位和个人不得违反法律、行政法规的规定，擅自作出税收开征、停征以及减税、免税、退税、补税和其他同税收法律、行政法规相抵触的决定。

《国务院关于税收等优惠政策相关事项的通知》

　　一、国家统一制定的税收等优惠政策，要逐项落实到位。

　　二、各地区、各部门已经出台的优惠政策，有规定期限的，按规定期限执行；没有规定期限又确需调整的，由地方政府和相关部门按照把握节奏、确保稳妥的原则设立过渡期，在过渡期内继续执行。

　　三、各地与企业已签订合同中的优惠政策，继续有效；对已兑现的部分，不溯及既往。

　　四、各地区、各部门今后制定出台新的优惠政策，除法律、行政法规已有规定事项外，涉及税收或中央批准设立的非税收入的，应报国务院批准后执行；其他由地方政府和相关部门批准后执行，其中安排支出一般不得与企业缴纳的税收或非税收入挂钩。

　　五、《国务院关于清理规范税收等优惠政策的通知》（国发〔2014〕62号）规定的专项清理工作，待今后另行部署后再进行。

经典案例：

·深圳市尚昆投资发展有限公司与河南省卫辉市人民政府投资合同纠纷管辖权异议二审民事裁定书

——与政府签订的含有政策优惠措施等内容的投资协议，不属于民事受案范围

【案号】最高人民法院（2012）民二终字第126号

【裁判要旨】从河南省卫辉市人民政府与深圳市尚昆投资发展有限公司签订的投资协议内容看，有关政策优惠以及为项目制定各项特事特办的行政措施等内容，均属于政府行使行政权的范畴，河南省卫辉市人民政府发布的《关于处理深圳市尚昆投资发展有限公司投资开发建设文化旅游生态新区项目有关事宜的通知》，更是政府具体行政行为的体现。因此，双方签订的投资协议的签订人身份、协议内容与《中华人民共和国合同法》第二条规定的“合同是平等主体的自然人、法人、其他组织之间设立、变更、终止民事权利义务的协议”的定义明显不符。深圳市尚昆投资发展有限公司诉争的纠纷，不属于平等民事主体之间具有民事权利义务内容的法律纠纷，不属于人民法院民商事案件受案范围。

·安丘市人民政府与潍坊讯驰置业发展有限公司行政协议纠纷再审案

【案号】山东省高级人民法院行政判决书(2017)鲁行终495号；最高人民法院行政裁定书(2017)最高法行申7679号

【裁判摘要１】涉案《合同书》第四条第2项约定：甲方（市政府）同意给乙方（正泰公司实际为讯驰公司）提供以下优惠政策，用于道路建设补偿：。2、免收土地契税、土地增值税、土地使用税。《中华人民共和国税收征收管理法》第三条第二款规定了任何机关、单位和个人不得违反法律、行政法规的规定，擅自作出税收开征、停征以及减税、免税、退税、补税的决定，但根据《国务院关于税收等优惠政策相关事项的通知》（国发[2015]25号文件）（以下简称《通知》）第二条规定：“各地区、各部门已经出台的优惠政策，有规定期限的，按规定期限执行；没有规定期限又确需调整的，由地方政府和相关部门按照把握节奏、确保稳妥的原则设立过渡期，在过渡期内继续执行。”第三条规定：“各地与企业已签订合同中的优惠政策，继续有效；对已兑现的部分，不溯及既往。”《中华人民共和国税收征收管理法》对税收的开征以及减免规定了具体实施由国务院制定详细的行政法规进行规范，国务院的上述《通知》对税收的开征以及减免的规定具有普遍约束力，因此涉及到本案《合同书》双方签订的第四条第2项关于土地契税、土地增值税、土地使用税免交的约定是当事人之间真实意思表示且未违反法律、行政法规强制性规定，应当认定为有效，原审法院仅以该约定违反法律强制性规定确认该条款无效的理由不当，应当予以纠正。关于涉案《合同书》第四条第2项中约定的免交土地契税、土地增值税、土地使用税是否应当返还问题。本案中，土地契税因上诉人讯驰公司未予主张且市政府亦已按照《合同书》约定予以免交，本院不再对土地契税进行认定和评判。现本案主要解决双方之间争议的土地增值税、土地使用税问题。涉案《合同书》第四条第2项约定对土地增值税以及土地使用税由讯驰公司予以免交，但是本案讯驰公司并非是以免交的方式履行合同约定，而是自行缴纳上述费用后，现请求予以返还，因此是否应当返还是本案的审查重点。依法纳税是每个公民和企业法人应尽的义务。本案中，上诉人讯驰公司根据有关法律规定依法自觉缴纳了土地增值税、土地使用税，这种依法纳税的行为，是讯驰公司企业自身诚实信用、依法经营的良好表现，应当予以鼓励和支持。国务院《通知》中规定，对于合同中的优惠政策继续有效；对于已兑现的部分，不溯及既往。双方《合同书》中虽然明确为讯驰公司免交土地增值税和土地使用税，但在讯驰公司已经缴纳上述两项税费的情况下，其再要求返还该税费，不符合合同约定的免税条款，双方亦未签订其他先交后返的协议，亦与国务院的《通知》不符，因此讯驰公司要求返还已经缴纳的土地增值税以及土地使用税的上诉请求，本院不予支持。

【裁判摘要２】双方签订的《合同书》第四条第3项约定，营业税（含教育附加费、城市调节基金）、所得税地方留成部分用于项目市政设施投资补助，并于乙方交纳30日内返还给乙方。该项约定实际为营业税、所得税地方留成在讯驰公司交纳后予以返还问题。．．．．．．结合本案，双方约定的该营业税中包含的教育附加费、城市调节基金属于地方性财政收入，在市政府对地方性财政收入拥有所有权和支配权的情况下，双方约定将该款项由市政府予以返还，属于当事人之间真实意思表示且未违反法律以及行政法规的强制性规定，因此该约定合法有效，双方均应当继续履行。该营业税在全部属于市政府管辖范围内且具有自主权的情况下，应当予以全部返还，而并非原审法院所确定的营业税亦按地方性留成的32%予以返还，原审法院认定将营业税以及所得税地方性留成均按照32%予以返还，不符合当事人之间的约定，亦与讯驰公司的诉讼请求相悖，本院对此予以纠正。关于所得税地方性留成问题。．．．．．．本案中，双方合同明确约定所得税地方留成亦用于返还讯驰公司，该约定同样是双方当事人的真实意思表示且并不违反法律、行政法规的强制性规定，该约定亦合法有效。因此，市政府应当将讯驰公司交纳的所得税的32%部分予以返还，原审法院对此认定正确，本院予以支持。

·宿迁市旌然物流有限公司与宿迁市宿豫区关庙镇人民政府不履行法定职责行政判决书案

【案号】江苏省宿迁市宿城区人民法院行政判决书(2016)苏1302行初14号

【裁判要旨】地方政府税收奖励属于行政允诺，只要允诺内容及程序不违反法律、法规且相对人已达到允诺奖励条件，地方政府应当遵循诚信原则履行承诺。