解读：我国现行法律、行政法规并未对股权转让合同被法院判决撤销税务机关应当退还已经缴纳所得税作出规定，税务机关退税缺乏法律依据。

解析：

（１）退税应以法律或者行政法规为依据：《税收征收管理法》第３条规定：“税收的开征、停征以及减税、免税、退税、补税，依照法律的规定执行；法律授权国务院规定的，依照国务院制定的行政法规的规定执行。”／“任何机关、单位和个人不得违反法律、行政法规的规定，擅自作出税收开征、停征以及减税、免税、退税、补税和其他同税收法律、行政法规相抵触的决定。”

（２）《国家税务总局关于纳税人收回转让的股权征收个人所得税问题的批复》并非法律或行政法规而只是其他规范性文件，与上位法《税收征收管理法》第３条规定明显冲突应当无效。

（３）股权转让合同被撤销、解除或被判决无效税务机关退税缺乏法律依据。

法条链接：

《税收征收管理法》

　　第三条　税收的开征、停征以及减税、免税、退税、补税，依照法律的规定执行；法律授权国务院规定的，依照国务院制定的行政法规的规定执行。

　　任何机关、单位和个人不得违反法律、行政法规的规定，擅自作出税收开征、停征以及减税、免税、退税、补税和其他同税收法律、行政法规相抵触的决定。

·国家税务总局关于纳税人收回转让的股权征收个人所得税问题的批复

　　一、根据《中华人民共和国个人所得税法》（以下简称个人所得税法）及其实施条例和《中华人民共和国税收征收管理法》（以下简称征管法）的有关规定，股权转让合同履行完毕、股权已作变更登记，且所得已经实现的，转让人取得的股权转让收入应当依法缴纳个人所得税。转让行为结束后，当事人双方签订并执行解除原股权转让合同、退回股权的协议，是另一次股权转让行为，对前次转让行为征收的个人所得税款不予退回。

　　二、股权转让合同未履行完毕，因执行仲裁委员会作出的解除股权转让合同及补充协议的裁决、停止执行原股权转让合同，并原价收回已转让股权的，由于其股权转让行为尚未完成、收入未完全实现，随着股权转让关系的解除，股权收益不复存在，根据个人所得税法和征管法的有关规定，以及从行政行为合理性原则出发，纳税人不应缴纳个人所得税。

·国家税务总局关于贯彻落实企业所得税法若干税收问题的通知

　　三、关于股权转让所得确认和计算问题

　　企业转让股权收入，应于转让协议生效、且完成股权变更手续时，确认收入的实现。转让股权收入扣除为取得该股权所发生的成本后，为股权转让所得。企业在计算股权转让所得时，不得扣除被投资企业未分配利润等股东留存收益中按该项股权所可能分配的金额。

《契税法》

　　第十二条　在依法办理土地、房屋权属登记前，权属转移合同、权属转移合同性质凭证不生效、无效、被撤销或者被解除的，纳税人可以向税务机关申请退还已缴纳的税款，税务机关应当依法办理。

经典案例：

·天长市天琴医药包装有限公司与安徽省天长市地方税务局、安徽省滁州市地方税务局税务行政管理（税务）行政复议纠纷行政判决书案

【案号】安徽省滁州市琅琊区人民法院行政判决书(2016)皖1102行初3号

【裁判摘要】目前税收征收管理法律法规规定的退税情形中没有关于股权转让协议被撤销后，应退回之前所缴纳的企业所得税的规定，合同被撤销或有效无效不是决定税款是否退还的关键——根据《中华人民共和国税收征管法》的规定，各级地税机关负责其征收范围内的地方税收征收管理工作。税收的开征、停征、以及减税、免税、退税、补税，依照法律法规的规定执行。在中华人民共和国境内，企业和其他取得收入的组织为企业所得税的纳税人。本案天琴公司、金数码公司及科瑞欣（香港）实业有限公司签订了《股权收购协议书》，约定天琴公司将其所持有的天洋公司70%股权转让给金数码公司。金数码公司也按约定支付了3566万元股权转让价款给天琴公司，天长市地税局向天琴公司征收股权转让企业所得税及滞纳金7147289.45元，事实清楚，符合法律规定。后天长法院判决撤销了天琴公司与金数码公司于2012年9月5日签订的《股权收购协议书》，天琴公司向天长市地税局提出退税申请。该请求是否属于天长市地税局退还天琴公司已缴纳的企业所得税的法定情形？《中华人民共和国税收征收管理法》第二条规定：税收的开征、停征、以及减税、免税、退税、补税，依照法律的规定执行；法律授权国务院规定的，依照国务院制定的行政法规的规定执行。目前税收征收管理法律法规规定的退税情形中也没有关于股权转让协议被撤销后，应退回之前所缴纳的企业所得税的规定。本案中，虽然天长法院判决撤销了天琴公司与金数码公司签订的《股权收购协议书》，从合同法规定上来看，该协议以及股权转让行为自始无效。就股权收购双方应互相返还，或向对方赔偿损失。但从行政法律关系上来讲，合同被撤销或有效无效不是决定税款是否退还的关键，退税要于法有据。天琴公司向天长市地税局书面提出退还企业所得税的申请，天长地税局作出《批复》，其答复在合理期限内。滁州市地税局收到天琴公司的行政复议申请，作出行政复议决定并依法送达，该行政复议符合法定程序。天琴公司在庭审中阐述的国家税务总局国税函[2005]130号《关于纳税人收回转让的股权征收个人所得税问题的批复》中所述的退税，不符合本案的情形。