解读：（１）我国现行土地增值税征收采取先预征后清算的管理模式；（２）房地产公司依据财务会计制度自行进行账务处理就会导致“税会差异”应作纳税调整，即以实际预征的土地增值税在计算应纳所得额时扣除，而不是以企业根据财务会计制度预期应缴纳的土地增值税计算。

解析：

（１）《企业所得税法实施条例》第９条规定企业应纳税所得额的计算以权责发生制为原则，但该条款同时亦规定国务院财政、税务主管部门另有规定的除外。

（２）《土地增值税暂行条例实施细则》第１６条确立了预征和清算的特别规定，即我国现行土地增值税征收采取了先预征后清算的管理模式（以现房销售收入和预收房款为基础乘以预征率按月缴纳，待达到土地增值税清算条件时再对整个房地产项目的土地增值税进行清算，多退少补）。

（３）房地产公司依据财务会计制度自行进行账务处理就会导致“税会差异”，应当作纳税调整，即应以税法为依据计算应纳税额，以实际预征的土地增值税在计算应纳所得额时扣除，而不是以企业根据财务会计制度预期应缴纳的土地增值税计算。

法条链接：

《企业所得税法》

　　第八条　企业实际发生的与取得收入有关的、合理的支出，包括成本、费用、税金、损失和其他支出，准予在计算应纳税所得额时扣除。

《企业所得税法实施条例》

　　第九条　企业应纳税所得额的计算，以权责发生制为原则，属于当期的收入和费用，不论款项是否收付，均作为当期的收入和费用；不属于当期的收入和费用，即使款项已经在当期收付，均不作为当期的收入和费用。本条例和国务院财政、税务主管部门另有规定的除外。

《土地增值税暂行条例实施细则》

　　第十六条　纳税人在项目全部竣工结算前转让房地产取得的收入，由于涉及成本确定或其他原因，而无法据以计算土地增值税的，可以预征土地增值税，待该项目全部竣工、办理结算后再进行清算，多退少补。具体办法由各省、自治区、直辖市地方税务局根据当地情况制定。

经典案例：

·华润置地（上海）有限公司诉上海市国家税务局第五稽查局复议决定案

【案号】上海市黄浦区人民法院行政判决书(2015)黄浦行初字第256号

【裁判摘要】关于原告是否应在计算企业所得税应纳税所得额时对土地增值税的会计处理作纳税调整的争议，两被告对原告就土地增值税的会计处理符合财务会计制度规定并无异议，但认为因涉及“税会差异”，原告需作纳税调整。本院认为，《企业所得税法实施条例》第九条虽然规定了企业应纳税所得额的计算，以权责发生制为原则，但该条款同时亦规定，国务院财政、税务主管部门另有规定的除外。就本案涉及的土地增值税而言，由于现行土地增值税的征缴管理存在特殊性，即《土增税条例实施细则》确立的预征和清算的特别规定，而在每一纳税年度预征土地增值税，正是基于房产开发项目周期长，在未竣工结算前，无法核算成本，也就不能精确计算土地增值税的立法考量。本案中，涉案的“外滩九里苑”项目尚未竣工结算，原告实际也是采用预征方式缴纳土地增值税，所预征的税金，应当视为当期“实际”发生的税金。因实际发生的预征土地增值税金与原告依据财务会计制度自行所作会计处理在金额上不一致，被告市国税稽查五局准予以当期预征的土地增值税金确定扣除额，并要求对差额部分作出纳税调整，该做法既符合设立土地增值税预征制度的立法本意，也能体现税收效率原则，本院予以认可。