解答：

（１）无效合同自始无效，当事人请求法院或者仲裁机构确认合同无效不应受诉讼时效期间限制。

（２）无效合同的债权人请求保护其权利的诉讼时效期间从知道或者应当知道权利受到损害之日起计算，只要当事人知道或者应当知道其权利受到损害的，诉讼时效期间即开始起算；对于必须等待合同被确认无效后才能主张的权利，诉讼时效期间应当从合同被确认无效之日起算。

（３）根据《民法典》第１９６条第２项规定：“不动产物权和登记的动产物权的权利人请求返还财产”的请求权不适用诉讼时效——因此，无效合同返还财产应当根据民法典第１９６条第２项之规定来确实是否适用诉讼时效规定，对于不动产权物权和登记的动产物权返还请求权不适用诉讼时效规定；对于未登记的动产物权返还请求权适用诉讼时效规定。

解析：

首先，只有人民法院和仲裁机构有权确认合同是否有效。无效合同自始无效，当事人请求确认合同无效的，不应受诉讼时效期间的限制。

其次，诉讼时效期间从知道或者应当知道权利受到损害之日起计算。无效合同的债权人请求保护其权利的诉讼时效期间也应当从知道或者应当知道权利受到损害之日起计算。

如，最高人民法院（2003）民二终字第38号民事判决书《中国五金交电化工公司与中国光大银行合肥分行无效借款担保合同纠纷案——借款担保合同无效后诉讼时效起算的认定》，本案经最高人民法院审判委员会讨论，确定无效合同请求权的诉讼时效从权利被侵害之日起算而非合同被确认无效之时起算。这是无效合同诉讼时效期间起算的一般原则，与有效合同相比较并无例外

再者，对于必须等待合同被法院或者仲裁机构确认合同无效后才能主张的权利，诉讼时效期间从合同被确认无效之日起算。

如，最高人民法院民事判决书(2005)民一终字第104号《广西北生集团有限责任公司与北海市威豪房地产开发公司、广西壮族自治区畜产进出口北海公司土地使用权转让合同纠纷案》【载《最高人民法院公报》2006年第9期（总第119期）】，最高人民法院认为合同无效的当事人请求返还财产及赔偿损失的的诉讼时效期间从合同被确认无效之日起算。但实质上并没有突破无效合同的诉讼时效期间从知道或者应当知道权利受到损害之日起计算的原则，只是强调对于当事人必须等待合同被确认无效才能主张的这一部分的权利，诉讼时效期间应当从合同被确认无效之日起算。

综上，对于无效借款合同之本金返还、无效租赁合同之租金收取、无效建设工程施工合同之工程价款支付等权利，当事人行使权利不依赖于合同被确认无效的，诉讼时效期间应当从知道或者应当知道权利受到损害之日起算；对于土地使用权出让合同、买卖合同之本金返还的请求权的行使依赖于合同被确认无效，当事人只能等待合同被法院或者仲裁机构确认无效后才能主张的，诉讼时效从合同被确认无效之日起算。

法条链接：

《民法典》

　　第一百九十六条【不适用诉讼时效的情形】下列请求权不适用诉讼时效的规定：

　　（一）请求停止侵害、排除妨碍、消除危险；

　　（二）不动产物权和登记的动产物权的权利人请求返还财产；

　　（三）请求支付抚养费、赡养费或者扶养费；

　　（四）依法不适用诉讼时效的其他请求权。

　　第七百九十三条【建设工程合同无效、验收不合格的处理】建设工程施工合同无效，但是建设工程经验收合格的，可以参照合同关于工程价款的约定折价补偿承包人。

　　建设工程施工合同无效，且建设工程经验收不合格的，按照以下情形处理：

　　（一）修复后的建设工程经验收合格的，发包人可以请求承包人承担修复费用；

　　（二）修复后的建设工程经验收不合格的，承包人无权请求参照合同关于工程价款的约定折价补偿。

　　发包人对因建设工程不合格造成的损失有过错的，应当承担相应的责任。

废止法条：

《民法总则》

　　第一百八十八条　向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。

　　诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。法律另有规定的，依照其规定。但是自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护；有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。

《民法通则》

　　第一百三十七条 诉讼时效期间从知道或者应当知道权利被侵害时起计算。但是，从权利被侵害之日起超过二十年的，人民法院不予保护。有特殊情况的，人民法院可以延长诉讼时效期间。 

《合同法》

　　第五十八条　合同无效或者被撤销后，因该合同取得的财产，应当予以返还；不能返还或者没有必要返还的，应当折价补偿。有过错的一方应当赔偿对方因此所受到的损失，双方都有过错的，应当各自承担相应的责任。

经典案例

·最高人民法院民事判决书(2005)民一终字第104号

【载《最高人民法院公报》2006年第9期（总第119期）】

【提示】只有人民法院和仲裁机构有权确认合同是否有效，当事人请求确认合同无效的，不应受诉讼时效期间的限制。

【裁判摘要】

一、《中华人民共和国民法通则》第三十六条规定：“……法人的民事权利能力和民事行为能力，从法人成立时产生，到法人终止时消灭。”《中华人民共和国公司登记管理条例》第三十八条规定，“经公司登记机关核准注销登记．公司终止。”因此，法人被依法吊销营业执照后没有进行清算，也没有办理注销登记的．不属于法人终止，依法仍享有民事诉讼的权利能力和行为能力。此类法人与他人产生合同纠纷的，应当以自己的名义参加民事诉讼。其开办单位因不是合同当事人，不具备诉讼主体资格。

二、只有人民法院和仲裁机构有权确认合同是否有效，合同当事人不享有确认合同效力的权利。合同无效系自始无效，当事人请求确认合同无效的，不应受诉讼时效期间的限制，而合同经确认无效后，当事人请求返还财产及赔偿损失的，应当适用法律关于诉讼时效的规定。

【裁判规则】当事人请求确认合同无效的，不应受诉讼时效期间的限制；当事人请求返还财产及赔偿损失的，对于债权请求权，应当适用诉讼时效规定（财产返还请求权的诉讼时效期间从合同被确认无效之日起算）。

·最高人民法院（2003）民二终字第38号民事判决书

——借款担保合同无效后诉讼时效起算的认定

【案号】

【提示】主合同无效，债权人请求保护其权利的诉讼时效期间，应当自其知道该损害发生之时而非合同被确认无效之时起算。

【摘要】当事人双方签订的借款合同违反国家有关金融管理的法律法规而依法确认该企业间借贷合同无效；因该借款合同无效，为此形成的保证合同关系亦应认定无效。保证人在提供担保时对主合同双方所实施的企业间借贷行为的违法性亦应当知道，债权人就其到期不能收回的贷款及利息损失，有权依法要求保证人及其债权债务的承继人承担连带赔偿责任。在合同应当或者事后已经被确认无效的情况下，已经履行合同的一方当事人因对方不履行合同而要求返还财产或者赔偿损失的，其行使该项请求权的诉讼时效期间应从合同约定的对方履行合同义务的期限届满后的次日起计算。本案中，债权人其损失的真实和根本的原因是本案借款人未按其约定的数额和期限清偿借款，故债权人请求保护其相应的权利的诉讼时效期间应当自其知道该损害发生之时而非合同被确认无效之时起算。

·北京市第一中级人民法院民事判决书(2014)一中民终字第3405号

【裁判摘要】确认合同无效请求权不适用诉讼时效规定——诉讼时效制度适用于债权请求权，而确认合同无效属于形成权，确认合同无效之诉属确认之诉，不应受诉讼时效期间的限制。同时，合同当事人不享有确认合同无效的法定权利，只有仲裁机构或人民法院有权确认合同是否有效。合同效力的认定，实质是国家公权力对民事行为进行的干预。合同无效系自始无效，单纯的时间经过不能改变无效合同的违法性。当事人请求确认合同无效，不应受诉讼时效期间的限制。