解读：根据《最高人民法院关于审理行政协议案件若干问题的规定》第２５条之规定，（１）对于不涉及行政机关单方行政权力不依法履行、未按照约定履行行政协议提起诉讼的，应适用诉讼时效制度；（２）对于行政机关单方变更、解除行政协议等行政行为提起诉讼的，应适用行政起诉期限规定。

法条链接：

最高人民法院关于审理行政协议案件若干问题的规定

　　第二十五条【起诉期限和诉讼时效】公民、法人或者其他组织对行政机关不依法履行、未按照约定履行行政协议提起诉讼的，诉讼时效参照民事法律规范确定；对行政机关变更、解除行政协议等行政行为提起诉讼的，起诉期限依照行政诉讼法及其司法解释确定。

最高人民法院关于适用《中华人民共和国行政诉讼法》若干问题的解释^【废止】

　　第十二条【行政协议案件诉讼时效及起诉期限界定依据】公民、法人或者其他组织对行政机关不依法履行、未按照约定履行协议提起诉讼的，参照民事法律规范关于诉讼时效的规定；对行政机关单方变更、解除协议等行为提起诉讼的，适用行政诉讼法及其司法解释关于起诉期限的规定。

经典案例：

·董某某、陕西省渭南市临渭区人民政府再审行政裁定书

【案号】最高人民法院行政裁定书(2020)最高法行再105号

【裁判摘要】起诉期限与诉讼时效不同。在法定期限内提起诉讼为行政诉讼的一种法定起诉条件，诉讼时效则为民事诉讼的一种实体判决条件。在修改后的《中华人民共和国行政诉讼法》明确将行政协议争议列举规定于行政诉讼受案范围之后，在行政协议争议领域区分适用起诉期限和诉讼时效变得非常必要，原因是一体适用起诉期限制度不符合行政协议兼具的公法性与私法性的双重属性。再审申请人提起本案诉讼时尚属有效的《最高人民法院关于适用若干问题的解释》第十二条规定：“公民、法人或者其他组织对行政机关不依法履行、未按照约定履行协议提起诉讼的，参照民事法律规范关于诉讼时效的规定；对行政机关单方变更、解除协议等行为提起诉讼的，适用行政诉讼法及其司法解释关于起诉期限的规定。"此即意味着，对于行政机关基于高权行政，单方行使权力作出的变更、解除行政协议等行为，适用起诉期限制度；对于不涉及行政机关单方行使权力的不依法履行、未按照约定履行行政协议的行为，则适用诉讼时效制度。本案中，再审申请人提起本案诉讼系认为再审被申请人临渭区政府、临渭区人民办多收取了契税、房产过户费等税费而请求予以退还。本案并无证据证明再审被申请人临渭区政府或临渭区人民办行使权力就《补偿协议》作出单方行为。二审法院适用起诉期限制度构成适用法律错误，依法应予纠正。