解答：在建设工程竣工验收后，发包人与承包人为结算工程款而对原合同进行工程价款的部分调整，属双方当事人之间正常的合同变更内容，并不会导致双方利益失衡，不属于“阴阳合同”应当无效的情形。因此，与中标合同不一致的工程价款结算协议合法有效。

法条链接：

最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释（一）

　　第二条 招标人和中标人另行签订的建设工程施工合同约定的工程范围、建设工期、工程质量、工程价款等实质性内容，与中标合同不一致，一方当事人请求按照中标合同确定权利义务的，人民法院应予支持。

　　招标人和中标人在中标合同之外就明显高于市场价格购买承建房产、无偿建设住房配套设施、让利、向建设单位捐赠财物等另行签订合同，变相降低工程价款，一方当事人以该合同背离中标合同实质性内容为由请求确认无效的，人民法院应予支持。

经典案例：

·福建省丰泉环保集团有限公司、福建省二建建设集团有限公司建设工程施工合同纠纷再审审查与审判监督民事裁定书

【案号】最高人民法院民事裁定书(2019)最高法民申1306号

【裁判摘要】在建设工程竣工验收后，发包人与承包人为结算工程款而对原合同进行工程价款的部分调整，属双方当事人之间正常的合同变更内容，并不会导致双方利益失衡，不属于“阴阳合同”应当无效的情形——《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第二十一条规定：“当事人就同一建设工程另行订立的建设工程施工合同与经过备案的中标合同实质性内容不一致的，应当以备案的中标合同作为结算工程价款的依据。"本案中，丰泉公司主张应当以中标合同中确定的固定价款作为结算联合厂房工程价款的依据，但根据原审查明的事实，二建公司在2005年2月23日前就已完成联合厂房的竣工验收并交付使用，因此，丰泉公司与二建公司于2009年6月22日签订的《补充协议》，并非合同履行过程中另行签订的建设工程施工合同，而是在工程完成后的结算协议。根据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释（二）》第十二条规定：“当事人在诉讼前已经对建设工程价款结算达成协议，诉讼中一方当事人申请对工程造价进行鉴定的，人民法院不予准许。"在建设工程竣工验收后，承包人为结算工程款而对原合同进行工程价款的部分调整，属双方当事人之间正常的合同变更内容，并不会导致双方利益失衡，亦不属于“阴阳合同"应当无效的情形。因此，该结算协议系双方真实意思表示，内容不违反法律行政法规的强制性规定，亦不会损害第三人合法权益，且丰泉公司在诉讼前对该协议从未提出异议，故该协议应认定为合法有效，原审法院依据案涉《补充协议》认定工程价款并无不当。

【解读】与备案合同的“白合同”不一致的工程价款结算协议有效。

·最高人民法院民事判决书(2019)最高法民终1093号

【裁判摘要】工程款支付方式由预付款加进度付款改为承包人全垫资施工属于实质性变更——《总包补充协议》与中标的《建设工程施工合同》相比，工程款支付方式由预付款加进度付款改为承包人全垫资施工。而款项支付方式系工程价款的重要内容，因此，应认定《总包补充协议》构成对中标合同的实质性变更，根据《中华人民共和国招标投标法》第四十六条的规定，该协议无效，对双方当事人不具有法律约束力。南通二建依据《总包补充协议》第26条第2项约定，请求置业公司支付欠付工程款利息，依据不足。从合同实际履行情况看，在案涉工程竣工验收前，置业公司未支付任何预付款和工程进度款。即便2018年2月7日南通二建向置业公司借款1000万元并自愿按照年利率4.5%支付资金占用费时，亦未提出抵扣前期预付款和进度款的主张。可见，双方并未实际履行《建设工程施工合同》的约定。2018年8月17日双方签订的《支付协议》首部明确，“鉴于双方分别于2015年4月15日和2016年1月18日签订了国储中心大厦的《建设工程施工合同》和《补充协议》"。《支付协议》是《建设工程施工合同》履行完毕后对所有工程款数额的最终结算，并详细约定了工程款的具体支付时间。因此，虽然中标的《建设工程施工合同》约定了工程预付款和进度款的支付事宜，但双方并未实际履行，而且工程结算的《支付协议》中又对工程款支付作出新的约定，应视为是对《建设工程施工合同》工程款支付方式的变更。双方的权利义务关系应以变更后的合同内容确定。《支付协议》并未约定预付款和进度款迟延付款违约金的事宜，南通二建关于支付2018年8月17日之前逾期付款违约金的主张，依据不足，一审判决对其该项诉讼请求未予支持，并无不当。

【注解】《支付协议》具有决算性质，系双方当事人真实意思表示，合法有效。