解读：对因历史原因形成无证房屋不宜认定违法建筑。
经典案例：
·辽宁省沈阳市于洪区人民政府、潘某某再审审查与审判监督行政裁定书
【案号】最高人民法院行政裁定书(2019)最高法行申7904号
【裁判摘要】首先，案涉有产权证房屋初为乡镇人民政府的办公大楼，后为沈阳市于洪区沙岭信用合作社（以下简称沙岭信用社）营业场所。潘××从沙岭信用社合法购买案涉有产权证房屋后，用做肉食品加工厂经营场所和厂房。在潘××向人民法院提供了《房照》及契税证等证据的情况下，案涉1100平方米房屋虽无房产档案但属于历史遗留问题，按照有证房屋和经营性用房予以补偿并无不当。原审法院经实地走访、询价，按照案涉房屋2011年拆除时周边在售经营性用房平均成交最低价的80%确定补偿单价，亦无不当。故对于洪区政府关于案涉有产权证房屋因无房产档案应为无证房屋、原审法院认定的案涉房屋补偿单价无事实和法律依据的主张，不予支持。其次，二审法院认定沙岭街道办事处出具的《证明》证实案涉无产籍房屋建成于1976年，原为乡镇人民政府的办公用房，亦系潘××从沙岭信用社合法购买，没有办理房屋产权证有其历史原因。在于洪区政府没有提交充分证据证明其为违法建筑的情形下，不宜认定为违法建筑。二审法院在综合考量没有办理产权登记的历史原因、土地价值、房屋用途和案涉房屋2011年拆除时周边在售经营性用房平均成交最低价格等因素后，确定每平米2750元的补偿单价并无不当。故对于洪区政府关于案涉无产籍房屋系违法建筑不应予以补偿的主张，不予支持。最后，案涉土地属于集体建设用地，系潘××于1995年从沙岭信用社合法购买，已依法取得集体土地使用证，享有占有、使用和取得收益的权利。据此，二审法院认定潘××有权获得案涉土地补偿并无不当。二审法院根据辽宁省沈阳市有关土地价格保障标准，并考虑前述有产权证房屋和无产籍房屋补偿中已包括项下土地价值应扣除相应面积，最终确定案涉土地应补偿面积为2795.29平方米、补偿标准为每平方米480元亦无不当。故对于洪区政府关于二审法院判决其给付潘××土地补偿费属于适用法律错误的主张，不予支持。
【解读】（１）对于因历史原因没有办理房屋产权证的无证房屋，行政机关在没有充分证据证明该无证房屋属于违法建筑的情况下，不宜认定为违法建筑。（２）行政机关和人民法院也应当在综合考量下，看看没有办理产权登记的历史原因，结合当地土地的价值、房屋的来源、房屋的用途以及周边类似房屋的市场价格等因素后，最终确定出公平合理的补偿标准，不能直接以无证房屋系违法建筑为由一概不予补偿。
·苍南县东兴化工有限公司、浙江省苍南县人民政府错误执行赔偿行政赔偿赔偿裁定书
【案号】浙江省高级人民法院行政赔偿判决书(2019)浙行赔终62号；最高人民法院行政赔偿裁定书(2020)最高法行赔申852号；浙江省温州市中级人民法院行政裁定书（2020）浙03行赔初10号
【裁判摘要】本案中，东兴化工公司据以主张厂房的损失，因案涉厂房未依照法定程序取得国土、建设部门的审批，亦未办理产权登记，东兴化工公司要求按照合法建筑的标准进行赔偿，依据不足。但十余年来，国土、住建、乡镇等有权查处违法建设的部门未对此依法予以调查处理，且在案涉厂房扩建、重建过程中，所在地的钱库镇政府、安监部门明知亦未予以制止。二审法院据此认为，案涉厂房虽不等同于合法建筑，但考虑到案涉厂房形成的特殊性，以及苍南县政府、钱库镇政府对东兴化工公司财产造成侵害的过错程度，在有关强制行为被确认违法后，东兴化工公司有权依法获得相应的赔偿，故对一审法院不予支持东兴化工公司相关赔偿请求予以纠正，考虑案涉厂房及附属设施的合理损失，尚需苍南县政府及钱库镇政府进一步调查、认定，由赔偿义务机关先行作出行政判断，故责令苍南县政府及钱库镇政府限期作出行政赔偿决定，并无不当。
【摘要】涉案厂房未经国土或规划部门依法审批，不能等同于合法建筑；但其系历史形成，2006、2007年间上诉人开展的扩建、重建中，当地镇、安监等部门明知但未予制止，当地国土、住建、乡镇等有权查处违法建筑的部门对从事危某品仓储的上诉人，在10余年间亦未能依法予以调查处置。2017年4月钱库镇政府张贴的涉案通知，并非《中华人民共和国土地管理法》或《中华人民共和国城乡规划法》所规定的对违法占地或建设的行政处罚决定，该《通知》自述系“行政指导性行为”；同时明确上诉人在2017年4月22日前未退还占地或自行拆除的，“相关部门将依法予以立案处理”。在2017年4月28日实施强制拆除涉案厂房前，相关部门既未立案亦未依法作出处理决定；在实施强制拆除中，无公证、见证、笔录等。涉案行政强制拆除的行为，违法情节明显较重。苍南县人民政府以及原审法院认定涉案建筑未经合法审批，并无不当，但仅以此为由对上诉人主张的建筑物及其附属设施一律不予赔偿，未予考虑涉案建筑物形成的特殊性、涉案强制行为的违法性，以及被上诉人对上诉人财产权造成侵害的过错程度，本院依法予以纠正。