解读：同一开发项目同时包含普通住宅和非普通住宅的，应当分别计算增值额。

解析１．根据《土地增值税暂行条例实施细则》第１１条第１款之规定：（１）普通标准住宅是指按所在地一般民用住宅标准建造的居住用住宅；（２）高级公寓、别墅、度假村等不属于普通标准住宅；（３）普通标准住宅与其他住宅的具体划分界限由各省、自治区、直辖市人民政府规定。

解析２．根据《土地增值税暂行条例实施细则》第１１条第２款之规定：（１）纳税人建造普通标准住宅出售，增值额未超过本细则第七条（一）、（二）、（三）、（五）、（六）项扣除项目金额之和百分之二十的，免征土地增值税；（２）增值额超过扣除项目金额之和百分之二十的，应就其全部增值额按规定计税。

解析３.《财政部、国家税务总局关于土地增值税一些具体问题规定的通知》第１３条规定：“对纳税人既建普通标准住宅又搞其他房地产开发的，应分别核算增值额。不分别核算增值额或不能准确核算增值额的，其建造的普通标准住宅不能适用条例第八条（一）项的免税规定。”（１）该条款并未禁止合并计算增值额；（２）只是合并计算时纳税人不能享受普通标准住宅增值额未超过扣除项目金额２０％免征土地增值税的免税待遇。

解析４．《国家税务总局关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》第１条第２款规定：“开发项目中同时包含普通住宅和非普通住宅的，应分别计算增值额。”（１）该条款强调对普通住宅和非普通住宅分别计算增值额，但未重申纳税人可以放弃普通住宅免税待遇而选择合并计算增值额，也未禁止合并计算增值额；（２）但该通知成为征税机关分别计算普通住宅和非普通住宅增值额的依据而对合并计算持否定态度。

法条链接：

《土地增值税暂行条例》

　　第八条　有下列情形之一的，免征土地增值税：

　　（一）纳税人建造普通标准住宅出售，增值额未超过扣除项目金额20%的；

　　（二）因国家建设需要依法征收、收回的房地产。

《土地增值税暂行条例实施细则》

　　第七条　条例第六条所列的计算增值额的扣除项目，具体为：

　　（一）取得土地使用权所支付的金额，是指纳税人为取得土地使用权所支付的地价款和按国家统一规定交纳的有关费用。

　　（二）开发土地和新建房及配套设施（以下简称房地产开发）的成本，是指纳税人房地产开发项目实际发生的成本（以下简称房地产开发成本），包括土地征用及拆迁补偿费、前期工程费、建筑安装工程费、基础设施费、公共配套设施费、开发间接费用。

　　土地征用及拆迁补偿费，包括土地征用费、耕地占用税、劳动力安置费及有关地上、地下附着物拆迁补偿的净支出、安置动迁用房支出等。

　　前期工程费，包括规划、设计、项目可行性研究和水文、地质、勘察、测绘、“三通一平”等支出。

　　建筑安装工程费，是指以出包方式支付给承包单位的建筑安装工程费，以自营方式发生的建筑安装工程费。

　　基础设施费，包括开发小区内道路、供水、供电、供气、排污、排洪、通讯、照明、环卫、绿化等工程发生的支出。

　　公共配套设施费，包括不能有偿转让的开发小区内公共配套设施发生的支出。

　　开发间接费用，是指直接组织、管理开发项目发生的费用，包括工资、职工福利费、折旧费、修理费、办公费、水电费、劳动保护费、周转房摊销等。

　　（三）开发土地和新建房及配套设施的费用（以下简称房地产开发费用），是指与房地产开发项目有关的销售费用、管理费用、财务费用。

　　财务费用中的利息支出，凡能够按转让房地产项目计算分摊并提供金融机构证明的，允许据实扣除，但最高不能超过按商业银行同类同期贷款利率计算的金额。其他房地产开发费用，按本条（一）、（二）项规定计算的金额之和的百分之五以内计算扣除。

　　凡不能按转让房地产项目计算分摊利息支出或不能提供金融机构证明的，房地产开发费用按本条（一）、（二）项规定计算的金额之和的百分之十以内计算扣除。

　　上述计算扣除的具体比例，由各省、自治区、直辖市人民政府规定。

　　（四）旧房及建筑物的评估价格，是指在转让已使用的房屋及建筑物时，由政府批准设立的房地产评估机构评定的重置成本价乘以成新度折扣率后的价格。评估价格须经当地税务机关确认。

　　（五）与转让房地产有关的税金，是指在转让房地产时缴纳的营业税、城市维护建设税、印花税。因转让房地产交纳的教育费附加，也可视同税金予以扣除。

　　（六）根据条例第六条（五）项规定，对从事房地产开发的纳税人可按本条（一）、（二）项规定计算的金额之和，加计百分之二十的扣除。

　　第十一条　条例第八条（一）项所称的普通标准住宅，是指按所在地一般民用住宅标准建造的居住用住宅。高级公寓、别墅、度假村等不属于普通标准住宅。普通标准住宅与其他住宅的具体划分界限由各省、自治区、直辖市人民政府规定。

　　纳税人建造普通标准住宅出售，增值额未超过本细则第七条（一）、（二）、（三）、（五）、（六）项扣除项目金额之和百分之二十的，免征土地增值税；增值额超过扣除项目金额之和百分之二十的，应就其全部增值额按规定计税。

　　条例第八条（二）项所称的因国家建设需要依法征用、收回的房地产，是指因城市实施规划、国家建设的需要而被政府批准征用的房产或收回的土地使用权。

　　因城市实施规划、国家建设的需要而搬迁，由纳税人自行转让原房地产的，比照本规定免征土地增值税。

　　符合上述免税规定的单位和个人，须向房地产所在地税务机关提出免税申请，经税务机关审核后，免予征收土地增值税。

财政部、国家税务总局关于土地增值税一些具体问题规定的通知

　　十三、关于既建普通标准住宅又搞其他类型房地产开发的如何计税的问题

　　对纳税人既建普通标准住宅又搞其他房地产开发的，应分别核算增值额。不分别核算增值额或不能准确核算增值额的，其建造的普通标准住宅不能适用条例第八条（一）项的免税规定。

国家税务总局关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知

　　一、土地增值税的清算单位

　　土地增值税以国家有关部门审批的房地产开发项目为单位进行清算，对于分期开发的项目，以分期项目为单位清算。

　　开发项目中同时包含普通住宅和非普通住宅的，应分别计算增值额。

经典案例：

·巴楚县新联房地产开发有限责任公司诉巴楚县地方税务局税务处理决定案

——行政复议前置情形下原告诉权之司法审查

【案件索引】一审：新疆维吾尔自治区巴楚县人民法院（2016）新3130行初2号（2016年10月17日）；二审：新疆维吾尔自治区喀什地区中级人民法院（2017）新31行终7号（2017年3月13日）

【裁判要旨】法律、法规规定应当先申请行政复议，当事人未申请行政复议而直接提起诉讼的，人民法院裁定不予立案。对于行政复议前置的情形，复议机关不受理复议申请或者在法定期限内不作出复议决定的，当事人只能起诉复议机关的不予受理行为或者不作为行为，而不能起诉原行政行为。原行政行为不符合复议或者诉讼受案范围等受理条件，复议机关作出维持决定的，人民法院应当裁定一并驳回对原行政行为和复议决定的起诉；复议机关改变原行政行为的，视为确认原行政行为违法，人民法院在裁定驳回起诉的同时，应当告知当事人可就其损失申请国家赔偿。

【裁判摘要１】一审法院认为：原告开发的巴楚新联未来城包含普通住宅和非普通住宅。原告在向被告申报土地增值税清算时，将普通住宅和非普通住宅合并清算，申报应缴土地增值税为0。．．．．．．但被告依据《国家税务总局关于印发的通知》(国税发【2009】91号)第十七条规定，清算审核时，应审核......对不同类型房地产是否分别计算增值额、增值率，缴纳土地增值税。被告对原告的普通住宅、非普通住宅、非住宅分别计算增值额、增值率，缴纳土地增值税，计算出原告应缴纳：1、普通标准住宅清算审核后增值额为-13783747.40元，增值率为0，应缴纳土地增值税0元，已预征0元，应退土地增值税0元；2.非普通住宅清算审核后增值额为-308946.71元，增值率为0，应缴纳土地增值税0元，已预征0元，应退土地增值税0元；3.非住宅清算审核后增值额为8255836.49元，增值率为34%，应缴纳土地增值税2476750.95元，已预征0元，应补土地增值税2476750.95元。被告依据《中华人民共和国土地增值税暂行条例》及其实施细则与相关政策规定，向原告发出税款缴纳的通知，并告知了相关权利义务。被告作出的具体行政行为所认定的事实清楚，适用法律、法规正确，程序合法。

【裁判摘要２】二审法院认为：根据《中华人民共和国税收征收管理法》第八十八条第一款：“纳税人、扣缴义务人、纳税担保人同税务机关在纳税上发生争议时，必须先依照税务机关的纳税决定缴纳或者解缴税款及滞纳金或者提供相应的担保，然后可以依法申请行政复议；对行政复议决定不服的，可以依法向人民法院起诉。”《中华人民共和国税收征收管理法实施细则》第一百条：”税收征管法第八十八条规定的纳税争议，是指纳税人、扣缴义务人、纳税担保人对税务机关确定纳税主体、征税对象、征税范围、减税、免税及退税、适用税率、计税依据、纳税环节、纳税期限、纳税地点以及税款征收方式等具体行政行为有异议而发生的争议。”即，纳税人同税务机关发生上述争议时，应当先依照税务机关的纳税决定缴纳或者解缴税款及滞纳金或者提供相应的担保，然后可以依法申请行政复议；对行政复议决定不服的，才可以依法向人民法院起诉。本案中，巴楚新联公司与巴楚县地税局就涉案房地产土地增值税的征税范围、减税、免税及退税以及计税依据产生争议，但其未提供复议机关对该争议作出的复议结果。因此，巴楚新联公司应当先提起行政复议，对行政复议决定不服后，才可以依法向人民法院起诉。