解读：（１）公司虚假注销应由有关机关恢复公司主体地位，由行政机关继续申请执行；（２）公司虚假注销导致申请执行时效中止，行政机关有理由继续申请执行。

解析：（１）公司被注销后在行政执行中可否直接变更股东为被执行人没有具体明确的法律规定；（２）《最高人民法院关于适用＜中华人民共和国行政诉讼法＞的解释》第１５６条规定：“没有强制执行权的行政机关申请人民法院强制执行其行政行为，应当自被执行人的法定起诉期限届满之日起三个月内提出。逾期申请的，除有正当理由外，人民法院不予受理。”对于因公司虚假注销导致逾期申请的，属于有正当理由，人民法院应予受理。

法条链接：

最高人民法院关于适用《中华人民共和国行政诉讼法》的解释

　　第一百五十三条　申请执行的期限为二年。申请执行时效的中止、中断，适用法律有关规定。

　　申请执行的期限从法律文书规定的履行期间最后一日起计算；法律文书规定分期履行的，从规定的每次履行期间的最后一日起计算；法律文书中没有规定履行期限的，从该法律文书送达当事人之日起计算。

　　逾期申请的，除有正当理由外，人民法院不予受理。

　　第一百五十六条　没有强制执行权的行政机关申请人民法院强制执行其行政行为，应当自被执行人的法定起诉期限届满之日起三个月内提出。逾期申请的，除有正当理由外，人民法院不予受理。